Obaveza prijema, slanja, evidentiranja i arhiviranja eFaktura postoji za subjekte javnog sektora, subjekte privatnog sektora koji su u sistemu PDV-a, ali i za one koji sarađuju sa javnim sektorom iako nisu u sistemu PDV-a.
Celokupni postupak registracije i rada na sistemu elektronskih faktura na početku zahteva registraciju na portalu poreske uprave uz pomoć digitalnog elektronskog sertifikata, a zatim i registraciju na portalu E- faktura. U zavisnosti od potreba poslovanja rad na portalu može se poveriti i trećim licima (posrednicima).
Osnovne funkcije potrala jesu slanje i prijem elektronskih faktura. Za slanje elektronske fakture neophodno je formirati dokument direktno na portalu ili uvesti iz nekog eksternog programa koji mora da bude standardizovan za kreiranje e-faktura. Ovako formiran dokument može se poslati bilo kom drugom korisniku registrovanom na sistem. Prijem e-faktura vrši se nakon provere odobravanjem ili odbijanjem (uz razlog).
Elektronski dokumenti koji se mogu formirati i razmenjivati na portalu jesu faktura, knjižno odobronje ili zaduženje i avansni račun. Uz ove e-dokumente može se priložiti i neki prateći dokument koji nije formiran u elektronskom obliku.